Dans un contexte d'adversité culturelle accru où les jeunes musulmans dans la machine occidentale de l'école, perdaient peu à peu leur foi, l'AEEMCI naquit pour sauvegarder la foi des jeunes musulmans. 

En 1971 monsieur Mory Bah étudiant à l'institut national supérieur des travaux publics entrepris une vaste campagne en vue d'interpeller les jeunes musulmans sur l'organisation du Ramadan sur le campus. 

Des suites de cette prise de conscience, un groupe de 7 étudiants dirigé par l'étudiant Vassiriki Touré, entama la rédaction des statuts et règlement intérieurs d'une structure d'élèves et d'étudiants musulmans à l'échelle national. : On hésitait entre différent nom : JEM AMEECI enfin dans une chambre du campus universitaire de Cocody, lors d'une réunion pour la circonstance, le cycle AEEMCI fut lâché. 

Le 18 janvier 1972 eut lieu la première assemblée constitutive de l'AEEMCI. Le 16 février 1972 Vassiriki Touré premier président de cette structure organisa la première assemblée générale constitutive. 

En 1972, la demande d'agreement se heurtait au silence des autorités. 

En 1975, une nouvelle équipe de dirigeants repris à nouveau les démarches administratives. C'est ainsi que le 16 janvier 1975 sous la direction de Abdoul Kader Kéïta étudiant en médecine une nouvelle assemblée constitutive conduisit à la reconnaissance administrative de l'AEEMCI.